Cette phase 2 concerne la reconfiguration complète de la filière boue. Du fait de ses performances, la nouvelle usine produit des quantités plus importantes de boues. Les anciens équipements n’étaient plus en capacité de les traiter. L’ensemble de la filière de traitement des boues a donc été reconfigurée. Les nouveaux équipements (digesteurs, centrifugeuses…) ont été construits en 2011-2012 dans des bâtiments fermés pour limiter les nuisances olfactives. A l’issue du traitement des eaux, les boues sont d’abord épaissies (égouttées), ensuite digérées (étape qui permet de produire du méthane), puis déshydratées et incinérées à l’usine d’incinération (située à côté).