Vítimas de experimentos genéticos, quatro tartarugas crescem anormalmente, ganham força e inteligência. Vivendo nos esgotos de Manhattan, elas são treinadas na arte do ninjutsu. Leonardo, Rafael, Michelangelo e Donatello, junto com seu sensei, Mestre Splinter, tem que enfrentar o mal que habita cidade: o Clã do Pé, comandado por Destruidor.