L'Agent Ethan Burke est envoyé en mission dans la petite ville de Wayward Pines pour enquêter sur la disparition de deux agents fédéraux : Bill Evans et Kate Hewson, son ancienne partenaire et maîtresse. Alors qu'il approche de la ville, Ethan a un accident. A son réveil, il réalise qu'il n'a plus aucun moyen d'entrer en contact avec le monde extérieur.