La meningitis micótica es muy rara y por lo general se produce por la diseminación de un hongo a la médula espinal a través de la sangre. Aunque cualquier persona puede presentar meningitis micótica, aquellas con sistemas inmunitarios débiles, como las que tienen cáncer o sida, tienen un riesgo más alto. La causa más común de la meningitis micótica en personas con sistemas inmunitarios débiles, es el hongo criptococo (Cryptococcus). Esta enfermedad es una de las causas más frecuentes de la meningitis en adultos en África. Los distintos tipos de hongos se transmiten de varias formas. Se cree que el criptococo (Cryptococcus ) se adquiere al inhalar suelo contaminado con excrementos de aves y el histoplasma (Histoplasma) se encuentra en lugares con un alto nivel de contaminación por excrementos de aves o murciélagos, en especial en la región central de los Estados Unidos, cerca de los ríos Ohio y Mississippi. Se cree que el Blastomyces se encuentra en el suelo rico en materia orgánica en descomposición de la región central de los Estados Unidos, en particular en la parte norte de esa región. Los Coccidioides están presentes en el suelo de las áreas endémicas (la región suduoeste de los Estados Unidos y partes de Centroamérica y Sudamérica). Cuando se transita por estos entornos, o se modifican, se pueden inhalar las esporas micóticas. La meningitis ocurre como resultado de una infección micótica que se disemina a la médula espinal. La infección por cándida (Candida) o candidosis, usualmente se contrae en entornos hospitalarios.