No ano de 20XX, Rockman conseguiu mais uma vez impedir os planos de Dr. Wily, e a paz voltou novamente. Para neutralizar as ambições de dominação mundial de Dr. Wily, a Robot World Alliance foi organizada. Um ano mais tarde, com a colaboração de cientistas de todo o mundo e o apoio financeiro da X Foundation, a robótica tem feito grandes progressos, e decidiu que um campeonato de robôs seria realizado.
Quando o Primeiro Torneio Anual de Robôs estava prestes a começar, o misterioso líder da X Foundation, Mr. X, anuncia que ele assumiu o controle dos robôs participantes e irá conquistar o mundo com eles. Ao ser questionado por Rockman, Mr. X revela que ele estava manipulando Wily desde o início, mas agora que ele tem oito dos robôs mais poderosos do mundo, ele não precisa mais de Wily e desafia Rockman a enfrentar o seu poder. Sem hesitar, Rockman decide acabar com este novo inimigo.
E assim começa Rockman 6.

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