Jacob Portman es un adolescente de 16 años que se ha topado con una serie de pistas ocultas en distintos lugares y momentos de la historia. Emprenderá entonces un viaje hacia la isla remota para buscar el orfanato en el que se crió su abuelo Abraham. El anciano, que murió de forma misteriosa, le contó todas sus aventuras y ahora Jacob está decidido a descubrir toda la verdad.