Si les deux finalistes de la primaire de la droite et du centre proposent deux programmes semblables, certaines différences notables existent.

Qu'elle soient sociales, économiques ou internationale, certaines des positions d'Alain Juppé et François Fillon entrent en collision à quelques jours du deuxième tour de la primaire. Plus conservateur, François Fillon est notamment particulièrement sévère sur le plan de la rigueur budgétaire, tandis qu'Alain Juppé se distingue par ses positions sociales, et notamment sa volonté de ne pas toucher à la loi sur le mariage pour tous.

Sur le plan international, les divisions se cristallisent sur le dossier syrien, pour lequel François Fillon est prêt à dialoguer avec Vladimir Poutine et Bachar Al-Assad tandis que son adversaire rejette toute coopération avec l'homme d'Etat syrien.