Kubo sahilde küçük bir köyde sakin bir hayat sürmektedir. Ta ki intikam ateşiyle yanıp tutuşan geçmişten gelmiş bir ruh tarafından asırlık bir kan davası yeniden alevlenene kadar…
Bu olay akla gelebilecek her çeşit yıkıma sebep olurken; Tanrılar ve canavarların peşine düştüğü Kubo, hayatta kalabilmek ve intikamcı ruhu mağlup edebilmek için efsanevî bir Samuray olan merhum babası tarafından daha önce bir kez giyilen büyülü zırhı bulmak zorundadır.