Quand le menaçant Storm King envahit Canterlot avec l'intention de voler aux poneys leur magie, l'avenir d'Equestria est en danger ! Applejack, Pinkie Pie, Twilight Sparkle, Rainbow Dash, Fluttershy et Rarity quittent pour la première fois la ville des poneys afin d'aller chercher de l'aide. Leur incroyable voyage les mène à travers les montagnes magiques, les mondes sous-marins et même sur un bateau de pirates volant ! Au cours de leurs aventures, les poneys découvriront qu'il n'y a pas de magie plus puissante que celle de l'amitié.