Namun masih ada sejumlah masalah yang harus diselesaikan untuk mendapatkan hasil suara final.

KPU menyatakan ada 14 daerah yang pemungutan suaranya sempat ditunda. Penundaan itu akibat ada bencana kebakaran dan banjir faktor keamanan dan ada masalah saat penetapan pasangan calon peserta pemilu.

KPU juga menyatakan dari total 387.000 TPS ada pemungutan suara ulang di 69 TPS. Untuk calon kepala daerah yang terjerat korupsi tetapi suaranya unggul KPU menyerahkan kepada penegak hukum yang berwenang.