As denúncias de problemas no Hospital começaram logo após o convênio firmado entre a Prefeitura de Guarulhos e o Instituto Gerir, que desde março de 2017 assumiu a administração do serviço. A Terceira Vara do Trabalho chegou a suspender o convênio no dia 7 de novembro, mas no dia 30, o Tribunal Regional derrubou a decisão e o Gerir retomou as atividades.