કથાકાર મોરારીબાપુએ નીલકંઠ પર આપેલા નિવેદન પર વિવાદ થયો છે મોરારીબાપુએ એક કથા દરમિયાન આડકતરી રીતે સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય પર કટાક્ષ કરતા નીલકંઠ અને નીલકંઠવર્ણી અંગે નિવેદન કર્યું હતું જેમાં મોરારીબાપુએ કહ્યું હતું કે, જ્યાં નીલકંઠ અભિષેકની વાત આવે ત્યારે સમજી લેજો, કાન ખોલીને સમજી લેજો શિવનો જ અભિષેક છે કોઈ પોત પોતાની શાખાઓમાં નીલકંઠનો અભિષેક કરો તો તે બનાવટી નીલકંઠ છે કૈલાશ વાળો નથી નીલકંઠનું છેતરામણું રૂપ આવતું જાય છે, નીલકંઠ કોણ જેણે ઝેર પીધા હોય, જેણે લાડુડીઓ ખાધી હોય એ નીલકંઠ ન હોય જેમણે ઝેર પીધા હોય એ નીલકંઠ હોય