Hayvanat Bahçesi, gezegendeki barışı bozmaya çalışanlarla savaşmak zorunda kalan bir grup hayvanın hikayesini konu ediyor. İyiler tarafı ile fareler tarafı arasında yapılan ateşkes, tüm gezegene huzur getirir. Hayvanlar gezegeninin barış çağına girmesinden mutlu olanlar kadar olmayanlar da vardır. Kötü niyetli bir fare olan Boo Boo Squeal de yapılan ateşkesten rahatsızdır ve yapılan bu barış antlaşmasını bozmaya kararlıdır. İyiler tarafının kahramanlarından Nuke ve B-52, barış antlaşmasını ihlal etmeye ve savaşı yeniden başlatmaya çalışan Boo Boo’ya karşı gezegeni korumak için zorlu bir mücadeleye girişir.