Neuf mois après les évènements concluant Arkham City et la mort du Joker, dont la crémation sert de séquence d'ouverture. La cité de Gotham connaît alors une ère de paix et la criminalité est au plus bas. Cependant, l’Épouvantail, présumé mort, provoque un carnage dans un restaurant avec sa nouvelle formule et menace d'inonder la ville de son gaz.