L'UE ha contribuito a rendere il traffico marittimo europeo più pulito, sicuro ed equo. Nel 1986 venivano create condizioni di parità per le compagnie di navigazione grazie alla legislazione europea che eliminava le barriere per gli operatori, contrastava il protezionismo dei paesi esterni all’Unione e rendeva i prezzi più equi. Un'ulteriore liberalizzazione dei mercati dei trasporti e dei passeggeri avveniva nel 1992, con l’allentamento delle norme nel mercato a corto raggio. Ciò permise alle compagnie provenienti da un paese dell’Unione il cabotaggio tra i porti di un altro Stato membro. All’inizio del millennio, il verificarsi di non uno ma ben due disastri avrebbe plasmato la legislazione marittima UE. Nel 1999, al largo della Francia, affondava la petroliera Erika. Tre anni più tardi la Prestige, altra nave carica di olio pesante, si inabissava al largo della Spagna. Le catastrofi ambientali portarono all’istituzione dell'Agenzia marittima europea e a migliori indennizzi per le vittime delle maree nere. "La soluzione che proponiamo è quella di integrare i fondi esistenti con la creazione di un fondo europeo, finanziato dalle compagnie petrolifere, che offra alle vittime indennizzi rapidi fino a 1 miliardo di euro." La legislazione prevedeva l'introduzione di scafi più resistenti per le petroliere, di controlli obbligatori più severi, del divieto di accesso ai porti UE a navi pericolose e di registratori di dati - scatole nere. Nel 2003 il Parlamento appoggiava norme che resero il traffico marittimo ancora più sicuro, con l’incremento degli standard sia nel trasporto dei passeggeri che in quello delle merci, e una migliore tutela di persone e ambiente da incidenti e negligenza. "La protezione marittima, tuttavia, deve essere intesa non solo come tutela dalla minaccia terroristica, ma anche come insieme di misure preventive necessarie per affrontare rischi di ogni tipo." Nel 2005, con le strade europee sempre più congestionate dal traffico di camion, il Parlamento sollecitava l'uso del trasporto marittimo a corto raggio in alternativa al trasporto su strada. Successivamente, nel 2012, appoggiava la graduale riduzione dello zolfo tossico nel combustibile per uso marittimo, nel quadro di un impegno teso a salvare vite umane e a rendere più pulito il settore marittimo. "Siamo tutti consapevoli del fatto che lo zolfo è dannoso per l'ambiente. Sono circa 50 000 le morti premature imputabili alle emissioni provenienti dalle navi." Oggi il traffico marittimo continua a rappresentare circa il 2,5% delle emissioni di gas serra globali. Il Parlamento chiede un trasporto marittimo UE climaticamente neutro entro il 2050, con porti puliti, la graduale eliminazione di olio pesante e l’incremento della ricerca in tecnologie e combustibili verdi.