Sicherheit ist ein wesentlicher Markenwert von Mercedes-Benz. Zum hohen Sicherheitsniveau des EQT trägt die stabile Karosseriestruktur mit energieabsorbierenden Lastpfaden ebenso bei wie die umfangreiche Ausstattung mit Fahrassistenzsystemen. Sie können die Fahrenden in zahlreichen Situationen unterstützen. Auch bei den Rückhaltesystemen hat der elektrische Small Van viel zu bieten: Er besitzt einen Mittenairbag, der sich bei schweren Seitenkollisionen zwischen Fahrer- und Beifahrersitz entfalten kann. Insgesamt sind sieben Airbags serienmäßig an Bord.

Bei der Kalibrierung der Fahrassistenzsysteme legte das Entwicklungsteam besonderen Wert auf möglichst harmonische Regeleingriffe, die von Fahrenden zunächst kaum wahrzunehmen sind. Die Fahrassistenzsysteme beobachten auf Basis von Radarsensoren und Kameras den Verkehr und das Umfeld. Wenn nötig, können sie warnend und unterstützend eingreifen.

Neben den gesetzlich vorgeschriebenen Systemen ABS und ESP® besitzt der EQT serienmäßig das Mercedes-Benz Notrufsystem. Es bietet gegenüber dem gesetzlich geforderten eCall zusätzliche Funktionen. So wird nicht in der jeweiligen Landessprache kommuniziert, sondern in der Sprache, die Fahrende im Infotainmentsystem eingestellt haben. Das ist beispielsweise hilfreich bei einem Notfall im Ausland. Die Mercedes-Benz Notrufzentrale verständigt dann die nächstgelegene Rettungsleitstelle. Weitere markentypische Besonderheit: Zusätzlich zur Datenübertragung über das fahrzeugfeste Kommunikationsmodul werden die wichtigsten Daten zum Unfall auch per SMS an die Mercedes-Benz Notrufzentrale gesendet – das gibt weitere Übertragungssicherheit.