Menkopolhukam Mahfud MD menegaskan tidak akan membubarkan Pondok Pesantren Al Zaytun karena sangat berbahaya jika Pemerintah membubarkan pondok pesantren. Mahfud MD mencontohkan Ponpes Ngruki, meski alumninya terlibat dalam tindak pidana terorisme namun Pemerintah tidak membubarkannya, hanya yang terlibat pidana saja yang diproses hukum.