Después de establecerse en Green Hills, Sonic está listo para tener más libertad, y Tom y Maddie aceptan dejarlo en casa mientras se van de vacaciones. Pero, apenas se han ido, el Dr. Robotnik regresa, esta vez con un nuevo compañero, Knuckles, en busca de una esmeralda que tiene el poder de construir y destruir civilizaciones. Sonic se une a su propio compañero, Tails, y juntos se embarcan en un viaje para encontrar la esmeralda antes de que caiga en las manos equivocadas.