Après avoir résolu avec brio une énigme impliquant une momie, Scooby-Doo et ses amis décident de prendre quelques jours de vacances au bord de la mer. Ils choisissent une charmante ville balnéaire où ils espèrent pouvoir goûter au repos. Hélas, ils découvrent que la bourgade est hantée par des pirates fantômes. Une fois de plus, l'équipe va devoir démasquer les trouble-fête qui font fuir les vacanciers...