In Ender Lilies spielen wir das Mädchen Lily, das sich durch eine postapokalyptische Welt kämpfen muss, in der alle Bewohner*innen von einem Todesregen in abscheuliche Monster verwandelt wurden. Als klassisches Metroidvania geht es im Spiel hauptsächlich um Erkundung und Kämpfe. Außerdem müssen die richtigen Fähigkeiten von Lily genutzt werden, um weiterzukommen.