Un groupe de terroristes appelé "Le Fantôme" menace l'ordre international en dressant les nations européennes les unes contre les autres. L'Angleterre forme la Ligue des Gentlemen Extraordinaires pour faire face à cette menace. La Ligue est composée de plusieurs membres, dont Allan Quatermain, Capitaine Nemo, Mina Harker, Rodney Skinner, Tom Sawyer, Dorian Gray et Jekyll / Hyde. Ils embarquent à bord du Nautilus pour se rendre à Venise et contrecarrer les sombres projets du Fantôme...