L'alano Scooby Doo assieme ai quattro ragazzi Shaggy Rogers, Velma Dinkley, Fred Jones e Daphne Blake sono una banda che vive a Crystal Cove la "Città più infestata al mondo" dove sono presi tra l'andare a scuola, i problemi coi genitori e il risolvere misteri. I ragazzi, però, non sanno che risolvendo ogni volta un mistero si avvicinano a quello più grande di tutti, un oscuro segreto che giace sotto Crystal Cove. Ad aiutarli ad avvicinarsi sempre di più a quel segreto (solo nella prima stagione), c'è un misterioso individuo conosciuto come Mr. E, un ex membro della vecchia Mystery Incorporated, che nella seconda stagione si alleerà con i genitori naturali di Fred e il diabolico Professor Pericles, altri ex-membri. Cassidy Williams, ex membro della vecchia Mystery Incorporated aiuterà l’attuale Mystery Incorporated nella prima stagione e in qualche episodio della seconda. Cassidy era il vecchio amore ricambiato di Ricky Owens, ma non partecipante alle azioni malvagie degli altri vecchi amici.