Cuando el Dr. Eggman (Robotnik en la versión estadounidense) secuestra al presidente y a su hija, Sonic se ve obligado a aceptar la misión del maléfico científico de regresar a Eggmanland para detener a Black Eggman y desactivar el generador de la ciudad antes de que este explote. El puercoespín ignora que el verdadero plan de Eggman consiste en activar a Hyper Metal Sonic, el antagonista de Sonic con el que el villano pretende derrotar por siempre al carismático héroe azul.