En l'an 75 de l'Ere cosmique, des conflits continuent de faire rage un an après la fin d'une terrible guerre qui a mis aux prises l'armée du Blue Cosmos à divers mouvements indépendantistes à travers le monde. Lassée par cette spirale de violence, Lacus Clyne, présidente de "Compass", organisation de surveillance de la paix dans le monde, veut nouer de nouvelles alliances avec l'espoir de pouvoir mettre un terme définitif aux combats. Les dirigeants du royaume de Fondation, un pays émergent, entrent bientôt en contact avec Lacus, espérant former une structure capable de mener une opération contre le quartier général du Blue Cosmos…