Dans un futur indéterminé. La guerre contre les machines s'est intensifiée. Les humains sont forcés d'affronter en permanence des machines déterminées à les réduire en esclavage. Une terrifiante nouvelle tombe : 250 000 sentinelles vont bientôt débarquer, chargées de détruire ce qui reste de vie sur Terre. Neo, l'Elu, est désigné pour sauver ses congénères. Il ne lui reste que 72 heures pour éviter que ces sentinelles ne découvrent et n'anéantissent la cité de Zion. Non content de se battre pour sauver l'Humanité, Neo entreprend également de venir en aide à la belle Trinity, dont il entrevoit, en rêve, le destin tragique...