Film Anak Kunti berkisah horor dengan cerita mengenai hubungan keluarga dan kasih sayang ibu. Berlatar pada 1990-an, film Anak Kunti menceritakan seorang ibu yang meninggal ketika proses melahirkan bayi kembar saat terjadi kerusuhan di desanya.

Setelah beberapa tahun salah satu anaknya yang selamat, Sarah kembali ke Desa Wonoenggal kampung halaman ibunya untuk mencari tahu asal-usul orang tuanya. Pada proses pencarian tersebut, berbagai teror mulai bermunculan di penjuru kampung, yang disebabkan oleh sosok kuntilanak yang diduga merupakan penjelmaan ibu kandung Sarah.