Vier Jahre lang sorgt der knuddelige Außerirdische Alf mittlerweile im Hause der Tanners für Turbulenzen. Jetzt hat er endlich die Chance, auf seinen Heimatplaneten Melmac zurückzukehren. Doch die vermeintlichen Signale aus der Heimat führen ihn geradewegs in die Gefangenschaft des US-Militärs. An dem neuen Häftling hat der strenge Colonel Milfoil (Martin Sheen) allerdings keine Freude.