Quinze ans après le Second Impact, une catastrophe qui a anéanti la moitié de l'humanité, les survivants reprennent peu à peu le cours de leur vie. Mais des créatures mystérieuses, surnommées les Anges, apparaissent et menacent la sécurité de Tokyo-3, la ville-forteresse. Pour les contrer, il est décidé de créer l'Evangelion, une arme humanoïde gigantesque...