Fred, Sammy, Vera, Daphné et Scooby-doo font connaissance au lycée lorsqu'ils sont tous collés. Ils se découvrent une passion commune pour les mystères, qu'ils vont pouvoir exploiter lorsque deux spectres les pourchassent dans le gymnase. Le petit groupe d'amis va enquêter pour découvrir ce qui se cache vraiment derrière ces apparitions qui terrorisent leur lycée, malgré l'opposition du principal adjoint Grimes...