Le climat d'Eilat est très sec. En effet, comme dans le désert du Neguev tout proche, l'humidité est inférieure à 10 % et les températures sont très élevées. En été, elles peuvent dépasser régulièrement les 40 °C, atteignant parfois les 45 °C à l'ombre. Durant l'été, Eilat est la station balnéaire du Golfe d'Eilat où les températures maximales sont les plus élevées. En effet, à Eilat, on peut relever parfois des températures maximales de 3 à 4 °C supérieures à celles de Sharm el Sheikh (Egypte), ville pourtant située plus au Sud sur le Golfe d'Eilat; le phénomène inverse se produit en hiver, mais dans une moindre mesure (1 à 2 °C en moyenne de plus à Sharm el Sheikh).

Sur Eilat, le soleil règne presque toute l'année. Rares sont les jours nuageux et encore plus rares sont les jours pluvieux (2 mm de pluie seulement durant la saison 2007/2008.
La température de la mer Rouge à Eilat reste entre 25-27 °C (70-81 °F) tout au long de l'année. Plus de 100 sortes de corail et 800 espèces de poissons vivent dans ces eaux.