« Pas très catholique » définition : Peu conforme à la morale, sujet à caution, douteux.
On dit aussi pas trés orthodoxe.

Origine de l'expression.
Le mot 'orthodoxe' désigne à la fois :
Ce qui est conforme à une doctrine, aux opinions et aux usages établis ;
Les Églises chrétiennes des différents rites d'Orient
il est donc amusant de se dire que quelque chose de "pas très orthodoxe" (avec 'orthodoxe' utilisé au premier sens, dans une locution datant du XVIIIe siècle) a pu, par simple plaisanterie sur le deuxième sens, se transformer en une chose pas très catholique.

Mais malheureusement, selon le Dico historique de la langue française, la deuxième signification de 'orthodoxe' ne date que du XIXe siècle, exactement comme notre expression, sans plus de précisions dans les dates.

Alors laquelle est venue en premier? Est-ce que l'expression est une variante plaisante de "pas très orthodoxe" ?

Source : http://www.expressio.fr/expressions/pas-tres-catholique.php