In naher Zukunft werden Godzilla und die anderen Monster auf einer tropischen Insel gefangen gehalten und von Wissenschaftlern überwacht. Eines Tages wird die Insel von Außerirdischen angegriffen. Sie bringen die Monster unter ihre Kontrolle und greifen mit deren Hilfe die Hauptstädte der Welt an. Die Kilaaks, wie sich die Aliens nennen, fordern die Übergabe der Welt, sonst werde die Menschheit aussterben.