En 1988, il va à Nashville (Tennessee) et est immédiatement recruté par le chanteur de blues et soul Jonel Mosser. Un an plus tard, il est pris en charge par le grand joueur de banjo Béla Fleck. Avec le claviériste et joueur d'harmonica Howard Levy, ansi que son frère Roy Wooten (alias Future Man), ils forment le groupe Béla Fleck and the Flecktones. Ils vont devenir célèbres pour leur style de jeu fusionesque hésitant entre le jazz et la funk.

Autres groupes et techniques [modifier]
Wooten a également été membre de plusieurs groupes de fusion et de progressif, dont Bass Extremes (avec Steve Bailey, Derico Watson et Oteil Burbridge), The Vital Tech Tones (avec Scott Henderson et Steve Smith), et le trio Extraction (avec Greg Howe et Dennis Chambers). Il a été également souvent en tournée avec d'autres groupes comme le Dave Matthews Band.

Les standards de plus en plus élevés dans la construction des basses électriques modernes ont permis à Wooten de développer des techniques jusque là inconnues. La plus célèbre est celle du double aller-retour au pouce (Slap aller-retour), où il utilise son pouce comme un médiator ou encore son jeu de tapping impressionnant.