Chaque entreprise de transformation, à l'instar des autres acteurs des filières, est régulièrement contrôlée par un organisme certificateur agréé par les Pouvoirs publics. De plus, des contrôles approfondis et inopinés (pouvant aller jusqu'à 4 ou 5 par an pour certains opérateurs) sont réalisés.
Les contrôles portent sur l'ensemble du système de production. Des prélèvements pour analyses sont effectués par sondage afin de vérifier la non-utilisation de produits interdits (pesticides, OGM...).
Ces contrôles garantissent aux consommateurs le respect des règles bio, de la production à la transformation et à la distribution.