Les pratiques spécifiques de l'agriculture biologique permettent d'éviter la contamination des eaux superficielles et souterraines ainsi que d'améliorer leur qualité phytosanitaire et diminuer leur teneur en nitrates.
Les agriculteurs bio utilisent des engrais organiques en quantité limitée pour fertiliser leurs sols et n'ajoutent pas d'engrais minéral azoté. En bio, les agriculteurs implantent des cultures intermédiaires qui permettent notamment de piéger les nitrates en période d'inter-culture.
La bio, une contribution majeure au maintien ou à l'amélioration de la qualité de l'eau.