Η ίδρυση της ΕΣEΕ αποτελεί καρπό μιας επίπονης και μακροχρόνιας προσπάθειας του εμπορικού κόσμου για τη δημιουργία της κορυφαίας του οργάνωσης. Βασίστηκε στη συνεργασία των μεγάλων τοπικών εμπορικών συλλόγων που δραστηριοποιούνται στην ελληνική κοινωνία από το 19ο και τις αρχές του 20ού αιώνα.<br />Η προσπάθεια για πανελλαδική εκπροσώπηση πέρασε από διάφορα στάδια, παίρνοντας αρχικά άτυπες μορφές. Έτσι, το 1961 συγκροτήθηκε το Συντονιστικό Συμβούλιο των Εμπορικών Συλλόγων.<br />Το 1987 δημιουργήθηκε η Ένωση Εμπορικών Συλλόγων Ελλάδος, η οποία είχε μορφή Ομοσπονδίας.<br />Το 1994 ιδρύθηκε η Εθνική Συνομοσπονδία Ελληνικού Εμπορίου, στην οποία συμμετείχαν αρχικά 10 Ομοσπονδίες Εμπορικών Συλλόγων, οργανωμένες σε περιφερειακή βάση και οι οποίες κάλυπταν το σύνολο της εμπορικής δραστηριότητας στην Ελλάδα, ανεξαρτήτως μεγέθους και κατηγορίας.<br />Σήμερα η ΕΣΕΕ έχει στη δύναμή της 14 Ομοσπονδίες, 283 Εμπορικούς Συλλόγους και 5 Συνδέσμους Εμπορικών Αντιπροσώπων, καλύπτοντας το σύνολο της χώρας, ακόμη και σε μικρές κωμοπόλεις.