Afin de veiller au strict respect des règles bio, chaque exploitation bio est contrôlée au minimum une fois par an par un organisme certificateur agréé par les Pouvoirs publics. A ces contrôles s'ajoutent des contrôles inopinés.
Les contrôles portent sur l'ensemble du système de production. Des prélèvements pour analyses sont effectués par sondage afin de vérifier la non-utilisation de produits interdits (pesticides, OGM...).