A la fin de l’exposition universelle de 1900, le président du conseil (premier ministre) Waldeck Rousseau déclare : « je suis un républicain modéré mais je ne suis pas modérément républicain. ». Les chefs des ligues antidreyfusardes sont jugés par le sénat et condamnés : Paul Déroulède est condamné à 10 ans de bannissement et Jules Guérin, le chef de la ligue antisémite, à 10 ans de détention. La congrégation (1) des Assomptionnistes qui a manifesté contre la République pendant l’affaire Dreyfus est dissoute. Waldeck Rousseau est anticlérical : il veut réduire le poids de l’Eglise dans la société. Les congrégations (ordres religieux) non autorisées sont interdites d’enseignement mais la loi de 1901 sur les associations est plus libérale pour les associations civiles : permet l’apparition des partis politiques comme le parti radical qui propose la séparation de l’Eglise et de l’Etat et un impôt progressif sur le revenu.
Aux élections législatives de 1902 s’opposent deux blocs, le bloc des anticléricaux qui va des républicains modérés aux radicaux et aux socialistes qui suivent Jaurès et le bloc des défenseurs de l’Eglise où se retrouvent monarchistes, nationalistes et républicains progressistes. Les socialistes intransigeants avec Jules Guesde ne s’allient à personne parce qu’ils considèrent que la question sociale est plus importante que la question religieuse, ils ne veulent pas s’allier avec les partis de la bourgeoisie. Le bloc des gauches anticlérical gagne les élections : Emile Combes est nommé président du conseil ou premier ministre le 15 juin 1902. Le petit père Combes est hanté par le danger religieux, il fait refuser les autorisations d’enseigner à des congrégations. Il est représenté comme le diable par les catholiques. Combes nomme comme évêques des religieux dont le pape Léon XIII ne veut pas, la tension avec le Vatican s’aggrave parce que le pape Pie X n’admet pas la visite du président de la République à Rome. En 1904, Emile Combes rompt les relations diplomatiques avec le Vatican et fait surveiller les opinions religieuses des officiers. Cette affaire des fiches provoque sa démission en janvier 1905. En 1905, son successeur Rouvier fait voter la loi de séparation de l’Eglise et de l’Etat : la République reconnaît tous les cultes mais n’en subventionne aucun. Des incidents éclatent quand ont lieu les inventaires des biens de l’Eglise mais la laïcité triomphe, le fait religieux perd de son importance dans la vie politique